خاستگاه قانونی صندوق های پژوهش و فناوری، ماده 100 قانون برنامه سوم توسعه اقتصادی، اجتماعی و فرهنگی کشور است که در آن آمده است: « به منظور ایجاد زمینه مشارکت و سرمایه گذاری بخش غیردولتی و حمایت کمی و کیفی از فعالیت های پژوهشی و فناوری، بالاخص پژوهش ها و فن آوری های کاربردی توسعه ای، دولت مجاز است در تاسیس صندوق های غیردولتی مشارکت کند و موظف به تقویت صندوق های دولتی موجود می باشد و باید ترتیبی اتخاذ کند که امکان استفاده صندوق ها از یارانه تسهیلات مالی طی سالهای اجرای برنامه فراهم شود.»

طبق آیین نامه اجرایی ماده 100 برنامه سوم توسعه کشور، حمایت ایجاد صندوق های پژوهش و فناوری در دستور کار وزارت علوم، تحقیقات و فناوری قرار گرفت و این صندوق ها با هدف سرمایه گذاری در طرح ها و شرکت های دانش بنیان به وجود آمدند. این کارگروه در وزارت علوم از سال 1382 تا 1390 به تعدادی از صندوق های پژوهش و فناوری از جمله صندوق غیردولتی پژوهش و فناوری فارس در سال 1390 مجوز فعالیت داده است.

صندوق پژوهش و فناوری فارس، در سال 1391 با مالکیت 48 درصد بخش دولتی و 52 درصد بخش خصوصی، در راستای حمایت از شرکت های فناور و دانش بنیان آغاز به کار کرده است. تمام سهام آن متعلق به اشخاص حقوقی بود که از آن جمله می توان به: پارک علم و فناوری فارس، دانشگاه شیراز، شهرداری شیراز، منطقه ویژه اقتصادی شیراز، اتاق بازرگانی صنعت، معدن و کشاورزی، شرکت فراسان، شرکت اسپک و تعدادی از شرکت های دانش بنیان و فناور اشاره کرد. وضعیت مالی این صندوق مورد تایید حسابرسان مستقل بوده و بستر منابع انسانی و زیرساخت های لازم جهت پرداخت تسهیلات، ارزیابی، نظارت و سرمایه گذاری را فراهم نموده است.